La valoración del aparato genitourinario comienza con la exploración física de los genitales externos, donde se observa si hay eritema, edema, aumento de temperatura local, secreciones anómalas (uretrales o vaginales, sugerentes de infecciones como clamidia o tricomoniasis), hematomas escrotales o testículo elevado. Se complementa con la palpación para detectar distensión vesical y la percusión de los ángulos costovertebrales en busca de dolor. Muchas patologías nefrourológicas cursan con dolor, cuya localización y características orientan el diagnóstico: disuria aguda en infecciones urinarias, dolor cólico irradiado en litiasis o dolor sordo no irradiado en tumores renales avanzados. Además, son clave los trastornos miccionales: poliuria, polaquiuria, oliguria, anuria, nicturia, incontinencia urinaria y tenesmo vesical, que se asocian a cuadros como infecciones, obstrucciones o hiperplasia benigna de próstata. Debido a la relación anatómica e inervación compartida con el aparato digestivo, son frecuentes síntomas acompañantes como náuseas, vómitos y anorexia.
La valoración se completa con exámenes de laboratorio y una anamnesis dirigida. En la orina se analizan olor, color, transparencia, densidad, pH, proteinuria y sedimento (hematíes, leucocitos, cilindros, bacterias), así como el urocultivo, cuya técnica de recogida y recuento de colonias varían según la edad y el método (punción suprapúbica, sondaje, muestra de mitad de micción, etc.). En sangre, la función renal se estima principalmente mediante urea (10–40 mg/100 mL, menos específica) y creatinina (0,5–1,3 mg/100 mL, más fiable), que aumentan cuando el riñón no depura correctamente. Finalmente, la anamnesis debe incluir preguntas sobre frecuencia miccional, dificultad para aguantar la orina, presencia de incontinencia, dolor o escozor al orinar y cambios en olor, color o presencia de sangre en la orina, ya que estos datos, junto con la exploración física y las pruebas complementarias, permiten orientar el diagnóstico genitourinario.