Las vacunas pueden clasificarse según diferentes criterios, siendo la clasificación más importante la que distingue entre vacunas vivas atenuadas y vacunas inactivadas. Las atenuadas contienen microorganismos con virulencia reducida que conservan su capacidad antigénica, generan una respuesta inmunitaria muy similar a la infección natural, requieren pocas dosis y producen inmunidad humoral y celular, aunque están contraindicadas en embarazadas e inmunodeprimidos por el riesgo de replicación del microorganismo. Las inactivadas contienen microorganismos muertos o fracciones antigénicas, son más seguras, no pueden producir la enfermedad y, al inducir una respuesta inmunitaria menos intensa, suelen necesitar varias dosis y el empleo de adyuvantes. Entre las vacunas atenuadas destacan la triple vírica, varicela, rotavirus, BCG y fiebre amarilla. Entre las inactivadas se incluyen las de hepatitis A y B, VPH, SARS-CoV-2, tétanos y difteria.
Las vacunas también se clasifican según el estado del microorganismo inoculado (enteras, subunidades, polisacáridas, conjugadas, toxoides o proteínas de superficie), el método de obtención del antígeno (clásicas o recombinantes), su composición (monovalentes o polivalentes) y la forma de administración (simultáneas o combinadas). Las vacunas simultáneas pueden administrarse en el mismo acto vacunal en diferentes zonas anatómicas, mientras que las vacunas atenuadas administradas por separado deben respetar un intervalo mínimo de 4 semanas para evitar interferencias en su replicación.
Según la vía de administración, las vacunas pueden ser intradérmicas (como la BCG), subcutáneas (principalmente triple vírica y varicela), intramusculares (la mayoría de las vacunas), orales (como rotavirus) o intranasales (vacuna antigripal atenuada). Además, pueden formar parte de la vacunación sistemática, incluida en el calendario vacunal y dirigida a toda la población para favorecer la inmunidad de grupo, o de la vacunación no sistemática, indicada en situaciones especiales como grupos de riesgo, brotes epidémicos o viajes internacionales, como ocurre con la vacuna de la hepatitis A.