La leche materna extraída mantiene muchas de sus propiedades nutritivas, antibacterianas, probióticas e inmunológicas cuando se almacena adecuadamente. Para garantizar su seguridad es fundamental una correcta higiene de manos, así como limpiar y secar correctamente las piezas del sacaleches y utilizar recipientes aptos para alimentos, con cierre hermético y correctamente etiquetados. Como referencia general, la leche recién extraída puede conservarse hasta 4 horas a temperatura ambiente (≤25 ºC), hasta 4 días en frigorífico (≤4 ºC) y, en congelador a −18 ºC o menos, es preferible utilizarla en los primeros 6 meses, aunque puede considerarse aceptable hasta 12 meses.
Para almacenar la leche es recomendable utilizar cantidades pequeñas (60-100 ml) para reducir el desperdicio y, cuando se mezclen extracciones realizadas en diferentes momentos, asegurarse previamente de que están a la misma temperatura. Se priorizará siempre la leche fresca, después la refrigerada y finalmente la congelada, utilizando primero la más antigua. Para descongelarla puede dejarse lentamente en el frigorífico o utilizar un baño maría si se necesita con rapidez. Una vez descongelada, puede mantenerse hasta 24 horas en el frigorífico y no debe volver a congelarse.
Durante la administración, la leche puede ofrecerse a temperatura ambiente o calentarse suavemente al baño maría, evitando el calentamiento directo. Antes de ofrecerla se debe remover suavemente, no agitar, para volver a mezclar las diferentes fases y la grasa. El olor o sabor rancio que puede aparecer tras la descongelación se relaciona con la actividad de las lipasas y no significa necesariamente que la leche esté en mal estado. Para su transporte puede utilizarse una nevera portátil con acumuladores de frío, manteniendo la leche en estas condiciones hasta 24 horas y, al llegar al destino, refrigerándola, utilizándola o congelándola según corresponda.