Los SIS también se diferencian por el método de recogida de los datos en: registros, encuestas y sistemas de notificación.
- En los registros la información sanitaria se va recogiendo de forma continua, a medida que se va produciendo.
- En las encuestas la información se recoge de manera ocasional o periódica
- En los sistemas de notificación, la información se obtiene de forma pasiva y en general se desconoce la representatividad de los datos recogidos.
El Instituto de Salud Carlos III ha elaborado un Directorio de Registros Sanitarios Españoles de Utilidad en Evaluación de Tecnologías Sanitarias. En este Informe se clasifican los registros sanitarios, según su contenido y objetivos, en cinco categorías:
- Bases de datos de ingresos y/o altas en centros sanitarios.
- Bases de datos de facturación de asistencia sanitaria.
Los registros de las categorías uno y dos son los que más se han desarrollado, por su implicación inmediata en la gestión de los centros
- Registros de historias clínicas.
La historia clínica es otro tipo de registro utilizado en todos los centros sanitarios, pero que por el momento sigue modelos tradicionales y se resiste a ser informatizada, en parte por las dificultades inherentes a los datos que contiene
- Registros de casos de enfermedades.
- Registros sobre la utilización de tecnologías sanitarias.