El Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad cuenta con un número limitado de facultades. Tiene competencia sobre la legislación en materia farmacéutica y es el garante del funcionamiento equitativo de los servicios sanitarios en todo el país, incluye la definición de la cartera de servicios común y las prestaciones del SNS, el establecimiento de los umbrales mínimos de gasto y calidad de los servicios y una función de supervisión denominada “alta inspección”. En esencia, el Ministerio tiene encomendada la difícil tarea de desempeñar la función central de coordinación de un Sistema Nacional de Salud repartido en 17 sistemas sanitarios autonómicos, que únicamente rinden cuentas ante sus parlamentos regionales y que, por consiguiente, no dependen jerárquicamente de la administración central. Como consecuencia de este marco legal, la negociación, el consenso y la financiación finalista adicional (fondos para uso exclusivo en sanidad), son factores primordiales de la formulación de políticas en el SNS. La mayor parte de este dialogo tiene lugar en el Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud (CISNS), concebido como el órgano con la máxima responsabilidad en la coordinación del Sistema Nacional de Salud.
Así mismo, en los últimos tiempos se ha otorgado al Ministerio de Sanidad la responsabilidad de la política social (tradicionalmente vinculada al Ministerio de Trabajo), con el mandato de poner en marcha el nuevo Sistema para la Autonomía y Atención a la Dependencia (SAAD) de carácter nacional.
La jurisdicción principal sobre la administración y prestación de servicios y las transferencias de fondos dentro del SAAD corresponde también a los gobiernos autonómicos, por lo tanto, el papel de la administración nacional en el ámbito de los servicios sociales se asemeja al que desempeña en el ámbito sanitario; también en este caso la estructura de gobierno actual prevé un Consejo Interterritorial del SAAD, que hasta la fecha está formado por los consejeros con competencia sobre la cartera de servicios sociales de cada comunidad autónoma (muchos de ellos consejeros de trabajo) y la Ministra/o competente en esa materia.